微波殺菌是微波加熱技術功能的延伸，表現為微波與生物及其基本單位細胞相互作用后生物細胞生理活動的變化和反應。與巴氏殺菌相比，微波殺菌設備具有以下顯著特點：
1、微波殺菌設備是一種物理殺菌方法。無需添加化學防腐劑，、霉菌、卵子、病毒等微生物，無需添加化學防腐劑。在殺滅有害微生物的過程中，不會污染食品殘留的毒性或放射性物質，安全無害。它不會改變食物的顏色、味道和營養。
2、在相同的殺菌溫度下，殺菌時間短，無需預熱。例如，大腸桿菌的殺滅時間約為30秒。在相同的殺菌條件下，細菌的死亡溫度相對較低，殺菌效果非常顯著。
3、殺菌平臺可同時進行多種殺菌，大大縮短殺菌周期，保證殺菌一致性。
4、由于材料各部分同時殺菌，殺菌時間短，可以避免長時間加熱影響食品質量，特別是不適合高溫或長時間加熱殺菌的食品。例如：含有揮發性辛辣成分的姜粉、含水量較高的新鮮水母等。微波殺菌可用于需要保持色、香、味等質量要求和殺菌的材料。
5、微波殺菌可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。如果包裝容器不能由金屬制成，則需要中等材料。一般采用軟塑料包裝或玻璃，工程塑料容器為宜。為防止微波殺菌過程中袋脹，設備可在工作倉庫內加壓，采用背壓殺菌工藝，防止袋脹損失。
